Se dice que cuando los árabes llegados desde las costas sureñas, se encontraron con la fertilidad de los valles que se abren las estribaciones de Guadarrama, debieron quedar muy asombrados y decidieron fundar una población a la que llamaón por su abundancia en canteras, EL PEDRET, que con el uso frecuente se convertiría en Alpedrete.

Sin embargo, otros creen que su origen hay que buscarlo en tiempo de los romanos, y su nombre primigenio vendría de AD PETRUM. En ambas teorías existe la convicción de que el origen de su nobre hace relación a las piedra de sus famosas canteras.

Alpedrete es uno de los pocos lugares de los que tenemos referencias prehistóricas y esto le hace quizá distinguirse de los demás.

Entre el término de Alpedrete y el de Collado Villalba en un lugar denominado Entretérminos se encontró un dolmen de corredor bajo túmulo: sepulcro megalítico que constituye uno de los pocos vestigios de cultura neolítica en la submeseta. Este hallazgo data de 1934.

La posterior historia de Alpedrete, por lo que hoy conocemos, hay que verla en estrecha relación con lo que fue durante mucho tiempo el Real de Manzanares.

Estas tierras del valle de Guadarrama fueron motivo de frecuentes enfrentamientos entre segovianos y madrileños. Hasta que en el año 1160 el Rey Alfonso VII decide que pasen al servicio de los madrileños. A pesar de todo, los enfrentamientos continuaron durante mucho tiempo. La abundancia y riqueza de sus pastos será la causa principal de estos litigios. Aunque, con toda probabilidad, se daría también el elemento sentimental que los segovianos tenian hacia estas tierras conquistadas a los árabes por ellos.

El año 1268 es cuando el Rey Alfonso X pone bajo su amparo toda esta región, llamándola de allí en adelante: EL REAL DE MANZANARES, que comprendía pueblos como Colmenar Viejo, Manzanares el Real, Guadalix, Navacerrada, etc. y EL ALPEDRET.

Bajo el reinado de los Austrias se debilita el poder de los grandes municipios, y crece el afán de independencia. Por esta razón, en 1630, se les concede el privilegio de Villazgo a varios de los lugares que por entonces pertenecía a El Real de Manzanares, entre ellos Collado Villalba y Alpedrete. durante muchos años Alpedrete será considerado como un barrio de Collado Villalba, hasta que en el año 1840 consigue su autonomía, según consta en "Testimonio de segregación de Alpedrete de la Villa de Collado Villalba". La ceremonia de Independencia tuvo lugar el día 26 de abril de 1840, a las 8 de la mañana, convocando al pueblo a toque de campana. Tras la lectura del decreto de Independencía: "y usando de su facultad, exercicio y sacó y libertó a este pueblo de la que sobre sí que desde hoy en adelante se intitule pueblo o lugar con jurisdición civil", el comisionado entregó la vara de mando al nuevo y primer alcalde constitucional, D. Basilio Montalvo.